基因檢測與定位

檢測特定基因序列：利用分子雜交儀可以將標記的核酸探針與基因組DNA進行雜交，通過檢測雜交信號來確定基因組中是否存在特定的基因序列。比如在檢測疾病相關基因時，能快速判斷樣本中是否攜帶特定的致病基因，為疾病的診斷和研究提供依據。

基因定位：通過熒光原位雜交（FISH）技術，在分子雜交儀的幫助下，可將特定的DNA探針與染色體進行雜交，根據熒光信號在染色體上的位置，確定基因在染色體上的具體位置，對于研究基因的連鎖關系、基因組結構和進化等具有重要意義。

基因表達分析

mRNA表達水平檢測：分子雜交儀可用于Northern雜交，將RNA樣本進行電泳分離后，轉移到膜上與標記的DNA或RNA探針雜交，從而檢測特定mRNA的表達水平。研究人員可以借此了解不同組織、不同發育階段或不同環境條件下基因的表達情況，分析基因表達的調控機制，探究基因在生理和病理過程中的作用。

非編碼RNA研究：對于microRNA等非編碼RNA，也可以利用分子雜交儀進行雜交實驗，研究其在細胞中的表達量變化以及與靶mRNA的相互作用，揭示非編碼RNA在基因表達調控中的功能。

基因組文庫篩選

構建與篩選基因文庫：在構建基因組文庫后，需要篩選出含有目的基因的克隆。利用分子雜交儀，將標記的探針與文庫中的DNA進行雜交，能夠快速篩選出含有目的基因的陽性克隆，為進一步研究基因的結構和功能提供材料。

比較基因組學研究：在比較不同物種的基因組時，通過分子雜交儀進行Southern雜交等實驗，分析不同物種基因組中同源基因的存在情況和序列差異，有助于了解物種間的親緣關系、基因的進化和功能演變。

DNA甲基化分析

甲基化位點檢測：結合亞硫酸氫鹽處理技術，經分子雜交儀進行雜交分析，可檢測基因組DNA中的甲基化位點。因為亞硫酸氫鹽會使未甲基化的胞嘧啶轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變，通過與特定探針雜交，可分析甲基化狀態，研究DNA甲基化在基因表達調控、發育生物學和疾病發生等過程中的作用。

SNP及突變檢測

單核苷酸多態性（SNP）分析：設計針對SNP位點的特異性探針，利用分子雜交儀進行雜交，根據雜交信號的差異可以檢測SNP位點的存在，分析不同個體間的遺傳差異，為疾病關聯研究、藥物基因組學和群體遺傳學等提供重要信息。

基因突變檢測：對于已知的基因突變位點，可通過分子雜交儀進行檢測，如檢測腫瘤細胞中特定基因的突變情況，有助于腫瘤的早期診斷、治療方案的選擇和預后評估。